生物肥中的一些根瘤菌和固氮細菌能吸收氮營養，增加土壤中氮的來源，而多種磷鉀溶菌可使土壤中不溶性磷鉀分解轉化為磷鉀化合物，增加作物生長環境中養分元素的供給。施用某些微生物肥料也能增加土壤中的有機質，促進土壤團聚體結構的形成，提高土壤肥力。

　　長期使用可以使原本相對壓實的土壤柔軟透氣，且保水保肥性能也得到改善。肥料中的有益微生物在作物根周圍生長繁殖，形成優勢菌群，占據病原微生物的生存空間，防止病原微生物對作物的攻擊。

　　使用后，赤霉素、生長素等微生物等生理活性物質，促進作物生長發育，特別是根系發育。發達的根系增加了作物的養分吸收能力，促進了作物的生長發育。特別是對一些光合細菌制劑，在作物葉片上噴灑后，作物枝葉繁茂，葉面積增加，增強了作物的光合作用，加速了作物生長，早熟，果實多，產量高。

　　微生物的活性使土壤養分供應平衡，防止作物過度吸收氮肥。蛋白質、糖、維生素含量增加，硝酸鹽含量降低，作物品質明顯提高，口感好，保存時間延長。

　　生物肥具有良好的肥料效率，能提高作物的抗病性。微生物肥料的使用，可以減少化肥用量30%，同時減少農藥用量，從而減少環境污染，減少農藥殘留，促進我國農業可持續發展。