生物有機肥中含有大量有益微生物，能分解土壤中的有機質，增加土壤團聚體結構，改善土壤組成。微生物在土壤中生長得很快，就像一張看不見的網，錯綜復雜。微生物死亡后，土壤中會留下許多微管。
這些微管不僅增加了土壤的滲透性，而且使土壤蓬松柔軟，養分和水分不易流失，增加了土壤的水肥儲存能力，避免和消除了土壤硬化。土壤中的有機質能改善土壤理化性質，使土壤更好地耕作，增強滲水能力。
提高土壤蓄水、保肥、供肥和抗旱防澇能力，增產顯著，是化肥不可替代的。生物有機肥中的有益微生物還可以控制有害細菌的繁殖，從而減少農藥的使用。
如果連續使用多年，可有效控制土壤中的有害生物，節省勞動力和污染。有機肥中的微生物具有很強的生命力，能在土壤中長期存活。固氮菌、溶磷菌、釋鉀菌能利用空氣中的氮，釋放土壤中不易被作物吸收的鉀、磷，持續供應作物養分。
