生物肥與有機肥配合合理。生物肥料施入土壤后需要繁殖和活性，這兩個過程也需要適宜的環境和充足的能量供應。有機肥可以滿足生物肥料的需要。
有機肥分解后釋放的有機酸可使土壤輕度酸化，而生物肥料中的微生物菌群在弱酸狀態下具有較高的活性;氨基酸、無機鹽、無機鹽等，有機肥分解后釋放的單糖和纖維素是微生物區系活動的能量來源。
此外，這些微生物群落的排泄物會加速有機肥料的分解并釋放能量。生物肥和復合肥的組合呢?沒關系。但要科學合理地使用，否則只會浪費生產資金。
生物菌肥和復合肥需要間隔施用。如果一起施用，復混肥溶解后，局部肥料濃度過高，會影響微生物區系的活性;而且，如果聯合施用，單一的化肥環境不適合微生物區系的活動，導致微生物區系的死亡和減少。
