生物有機肥是一種新型肥料，也是一種可以替代化肥的綠色肥料，在未來有很大的發展空間。
在“基本標準的有機農業和食品加工”(IFOAM)關于生物有機肥的使用，其要點是“加強自然系統和生物循環利用，使足夠數量的有機物回到土壤中，以維持和增加土壤有機質、土壤肥力和土壤生物活性”，“無機肥料只被視為營養循環的補充，而不是替代品”，“化學合成肥料和化學合成生長調節劑的使用須限制在不影響人類健康的環境和作物質量的不良后果以及作物產品中有毒物質殘留物的積累”。
這些規定表明，在綠色食品的生產中，須注意保護良好的生態環境，須限制無機肥料的過度使用。生物有機肥(包括綠色肥料和微生物肥料)是生產綠色食品的主要肥料來源。使用生物有機肥有以下優點：生物有機肥中含有多種有益微生物.氨基酸.多肽.微生物的酶和抗生素。
生物有機肥可以減少碳氮，碳氮比過大，微生物分解速率慢，并消耗土壤中有效的氮。同時，它可以保證植物的病原體，改善土壤中的微生物環境和物理結構，提高植物自身的免疫力，提高作物的質量和儲存和運輸能力。
