生物肥可以提高土壤肥力，是其主要功能。例如，各種固氮細菌肥料可以增加土壤中氮的來源。磷鉀溶菌肥能溶解土壤中不溶性磷、鉀，增加土壤中磷(P)和鉀(K)的來源。此外，還可以促進作物生長，提高農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量。各種生物肥料在施用土壤時，可以產(chǎn)生不同的生長激素，刺激作物生長。

　　例如，“5406”放線菌生物肥不僅能拮抗病原菌，預(yù)防病害和強細菌，還能分泌細胞分裂素促進作物生長。真菌生物肥不僅對作物吸收磷、鋅、銅等礦物質(zhì)元素有較強的輔助作用，而且能增強作物的吸水性和保水性，提高作物抗旱能力。

　　由于生物肥料能夠生產(chǎn)和幫助作物吸收和利用各種營養(yǎng)元素，因此可以大大地提高農(nóng)產(chǎn)品的質(zhì)量。它可以改變化肥施用引起的“瓜不香、水果不甜、茶無味”的現(xiàn)狀，各項指標(biāo)均符合綠色食品標(biāo)準。

　　從該肥料的作用模式可以看出，它不能直接提供作物吸收的養(yǎng)分，而是通過土壤中大量活微生物的活性活動產(chǎn)生的。幫助作物吸收營養(yǎng)物質(zhì)或產(chǎn)生生長激素來刺激作物生長，這與化肥有本質(zhì)的不同。

　　此外，生物肥所提供的肥料效率不能滿足作物生長的養(yǎng)分要求。因此，認為它可以替代化肥是一種誤解。它沒有環(huán)境污染，有利于保護生態(tài)環(huán)境。此外，化肥對該肥的某些功能和生態(tài)效益是不可替代的。