有機肥的優點是它含有多種養分，具有多種大而微量的全肥元素，并含有維生素等活性物質，突出的特點是能增加和補充土壤有機質。土壤中的有機質能改善土壤的理化性質，使土壤更好地耕作，增強滲水能力，提高土壤蓄水，是化肥不可替代的。
此外，有機肥能提供作物所需的營養，保護作物的根莖，增強作物的抗病、抗旱、抗澇能力，提高作物產量，提高食品的安全性和綠色性。隨著我國農牧業的快速發展，有機廢棄物的產生量逐年增加，有機肥中所含的大量養分資源是寶貴的。
但有機廢棄物的空間分布不平衡，主要分布在我國種植業和養殖業發達的地區。從世界上英、法、日等國的成功經驗來看，他們從上世紀七八十年代開始減少農藥和化肥的使用，雖然化肥和農藥的使用量大大減少，但糧食產量卻有所增加。
同時，在部分主產區對玉米、小麥、水稻等主要作物進行的試驗也表明，土壤-作物系統綜合治理和有機無機技術的應用，在不增加或減少化肥用量的情況下，可以提高肥料利用率，達到國際先進水平。
