有機肥效果慢，應早施。一般在播種或播種前施用一次。施用前先分解，后期追肥效果不如基肥明顯。化肥作為基肥時，應提前一周左右施用，并應在作物營養臨界期或養分吸收高峰期之前施用，以滿足需要。
生物肥料在土壤中大量繁殖后，只能起到細菌的抑菌作用，所以在種植前應提前施用，使其有時間繁殖生長。可與有機肥一起施用于土壤中，也可在種植前或種植過程中施用于穴中。有機肥的主要作用是改良土壤，提供養分。
一般作為基肥施入土壤中。因此，有要結合深耕使土壤與有機肥充分混合，達到改良土壤的目的。當土壤問題嚴重時，利用海神生物激發劑可以更好地改善土壤環境，平衡養分，增加土壤團聚體結構。
在基肥中，由于有機肥的養分主要是氮，所以氮肥與有機肥配施可少施，可作基肥，可作追肥。磷鉀肥可一次施作基肥。由于磷肥的流動性差，后期追肥效果較差，應作為基肥施入土壤。
