生物肥料生產企業發展太快、太多，但大多是小企業。它們是車間式生產，設備技術落后，員工素質低。因此，生物肥料產品質量參差不齊，產品成分不科學。

　　其種類繁多，但大多仍是傳統的固氮、解磷、解鉀細菌。其中一些甚至使用酵母，缺乏新的和有效的產品。菌株的靶效不穩定，配方不合理，抗性差。

　　它本身的基礎研究和應用研究還不夠，研究人員相對不足。其作用機理尚不清楚，對土壤和作物的影響有待進一步研究。基礎研究嚴重滯后于實際生產，生物肥料推廣未能遵循試驗、示范、推廣的程序。

　　缺乏要的市場監督管理條件，少數企業在宣傳中夸大使用效果，使用不當的管理手段，甚至生產假冒偽劣產品，給農民造成損失。管理不夠規范。許多未注冊的企業或產品，甚至假冒偽劣產品，仍在大力宣傳、生產、銷售，夸大生物肥料的作用。